Przez eony Krotoplaści przemierzali galaktykę, formując i przemieniając życie według własnego uznania. W swym zadufaniu stworzyli jednak coś, czego nie byli w stanie kontrolować Darkspore. Teraz galaktyka jest zagrożona.
Dzięki potędze E-DNA, Darkspore przemienia populacje całych planet w hordy mutantów. Ma tylko jeden cel... zdominować wszelkie życie we
wszechświecie.
Jesteś uchodźcą, ukrywającym się od tysiąca lat. Twoją misją jest odtworzenie puli genów bohaterów. I poprowadzenie ich do bitwy przeciwko Darkspore.